進口報關手續
進口到巴拿馬的商品在通過巴拿馬海關時必須由一家報關行辦理結關手續，報關行必須是在巴拿馬海關辦理過代理報關注冊登記，并獲批準的具有法人資格的公司或企業。代理行一般須準備下列票證：進口貨物的報關單；有關發票；裝箱單；進口貨物提單或運單。結關程序是；報關行必須向海關提交一份包括全部進口貨物的報關單，并附上經過核實的領事發票和提單以及進口商已經繳納了巴拿馬所得稅的法律證明。領事發票是駐出口國的巴拿馬領事館簽發的一種特定格式的發票，一般包括托運人與收貨人的名稱與地址、裝運港、目的港、運輸方式等，標記號碼應與提單相符。其作用是證明進口商品是否與原產地相符，證明所填寫的貨物名稱、單價、數量是否屬實，還可以作為巴拿馬征稅的依據。
在進口貨物到達巴拿馬的24小時之內，報關行若有正當理由不能提交領事發票和提單，則須繳納兩倍于進口稅額的保證金，這樣才允許辦理貨物結關手續。報關行若在90天的期限內以適當形式提交了上述規定的文件，保證金將予以退還。進口貨物在結清關稅后若在24小時之內從海關運走，則要繳納海關保管費。保管費用必須在貨物運走之前結清。當累計的海關保管費與貨物的價值相等時，海關將拍賣所保管的進口貨物，以抵消貨物的保管費。所有到達巴拿馬城和科隆市的貨物，如果是轉裝他船，必須儲存在政府指定的特殊倉庫里。
貨物存倉與再出口
一些存放在海關倉庫的貨物，雖然已被確定為將被重新裝船轉口，但是在特殊情況下，只要得到巴拿馬有關部門的批準以及繳納了兩倍的所有有關費用之后，就可在巴拿馬境內銷售或消費。只要進口商愿意，貨物就可申報存進倉庫。如果進口商沒有自己的保稅倉庫，貨物可存放在政府開辦的倉庫中，期限為6個月。如果上述貨物在6個月之內沒有被再出口或者沒有繳納倉儲費，貨物將被視為自動放棄。另外，巴拿馬政府在巴拿馬城建有保稅倉庫，而且在運河區設有直接把貨物交付給經過巴拿馬運河貨輪的倉庫，這些貨物也可供在運河區從事這一業務的承包人所消費。
合法進口到巴拿馬的商品允許再出口，不需要得到有關部門的特別許可。威士忌、槍支彈藥以及那些進入巴拿馬受出口國所確定配額限制的產品例外。在巴拿馬城和科隆市，從官方或私營保稅倉庫中提出的貨物如果由不足1000噸的貨船運送，將不準再出口。在運河區銷售的貨物以及作為供給品銷售給到達終點港口和其他巴拿馬港輪船的貨物，不被視為再出口，但是這些貨物的銷售必須得到巴拿馬有關部門的特別許可。當貨物自進口之日起3個月再出口時，而且其價值超過了50巴波亞(巴拿馬貨幣)，巴政府允許退還已交進口稅的95％。
關稅制度與處罰
巴拿馬實行單欄關稅稅則，即每一個稅目只確定一種稅率，適用于來自任何國家的商品，沒有差別對待。巴拿馬免稅進口的物品或產品主要包括：出于飼養目的而進口的動物，土豆籽苗，動物飼料，人或動物所服用的藥物，牙科使用的黃金、白金和銀，拖拉機，動畫片和電影片。地圖，蜜蜂，魚網等。巴拿馬的關稅種類有：從量稅、從價稅、銷售稅和關稅附加費以及優惠關稅。根據巴拿馬關稅法，從事制造業的企業可獲得投資獎勵，其中包括免稅進口機器、設備、備用零部件、原材料、半成品、包裝材料、燃料以及潤滑油。建筑材料、交通工具、辦公用品和設備以及任何不用于生產過程中的其他資本品的進口，必須按照規定繳納相關的關稅。
巴拿巴海關一旦發現某進口商有欺騙行為，如改變商品的價值與重量，或以一種商品替代另一種商品，或逃避完稅等，將給予處罰沒收商品，或加收正常關稅額的一倍，或根據情節征收一定數額的罰款。若領事發票不是按照規定的形式提交給海關，海關將征收發票總價值10％的關稅附加費。
自由貿易區及其管理
巴拿馬科隆自由貿易區始建于1948年，現已成為西半球最大的自由貿易區，是世界上僅次于香港的第二大自由港和免稅地區。科隆自由貿易區管理非常嚴密，采取的安全措施也非其他國家自由貿易區所能比擬。區內設管理委員會，負責管理和組織本國和外國企業從事進口、展銷、制造、裝配和轉口業務，為辦公機構出租和修建住房、廠房、出租地皮、批準外國人在區內經商等。巴拿馬是世界上罕見的無本國貨幣的國家，沒有外匯管制和對外資的限制，做生意十分方便，大家都使用美元，無需兌換。另外，區內為外國公司從事進出口和其他業務提供了諸多方便，如區內建有可供外商租用的數十座倉庫，租期一般為20年，到期還可續租；允許外國公司從事各種商品、制成品、原材料、容器辦理運入、儲存、展出、開包、制造、包裝、分裝、裝配、精制、凈化、混合、改型、調配等業務。
