WTO的成員國目前有140家，占世界貿易的90%以上，現有超過30個國家正在申請成員國資格。
決議完全由合議作出，每一成員享有一票，雖然也存在多票表決的可能，但這在WTO從沒用過，且在它的前身GATT里更是少見。WTO的協議都經過所有成員國國會的認可。
WTO的最高決策機構是部長會議，至少每兩年舉行一次。它的下面是總理事會（通常由各國駐日內瓦大使和高級代表組成，但有時成員國直接從其首都派出代表），每年在日內瓦總部碰頭幾次。總理事會還可作為貿易政策審議和貿易爭端解決機構。
在它下面是貨物貿易理事會、服務貿易理事會和知識產權理事會，都直接對它負責。
其次還有許多的專門委員會和工作小組，主要是處理單個協議和其它領域的事宜，如環境、發展、成員資格申請和區域貿易協定等。
1996年在新加坡召開的第一次部長會議給這一結構添加了三個工作組，他們主要處理貿易與投資關系、貿易與競爭政策相互作用以及政府采購透明化方面的問題。
1998年于日內瓦召開的第二次部長會議決定，WTO現有的理事會和委員會也應研究電子商務領域的問題。
秘書處：
設在日內瓦的WTO秘書處擁有大約500名工作人員，由總干事領導。它在日內瓦之外的其它地方不設分支機構。由于決策是由成員本身作出，秘書處并不具有像其它國際組織里授予的決策權力。
秘書處的主要職責是給部長會議和各理事會和委員會提供技術性支持，并為發展中國家提供技術援助，分析世界貿易形勢以及向公眾和媒體解釋WTO的活動。
秘書處同時也提供爭端解決過程中某種形式的法律協助，以及對希望加入WTO的國家政府給予建議。它每年的預算大約是一億一千七百萬瑞士法郎。
