按照世貿組織的規定，世貿組織的決策首先應考慮適用協商一致原則，不能達成協商一致的方實行多數票規則，但某些決策必須實行協商一致規則。對于實行多數票的決策，根據決策內容的不同，分別適用簡單多數、2/3多數、3/4多數或反向一致規則。概括起來，主要有以下6種情況：
⑴協商一致規則。即只要出席會議的成員方對擬通過的決議不正式提出反對就視為同意，包括保持沉默、棄權或進行一般的評論等均不能構成反對意見。下列事項的決策一般應實行協商一致規則通過才有法律效力（除非特殊規定）：第一，對《世界貿易組織協定》和多邊貿易協定的修改，有特殊規定的除外；第二，下列豁免成員方的義務：①豁免決定所涉及的是某一成員方未在有關期限內履行過渡期或分階段實施期的任何義務，②某項有關世貿組織章程的豁免請求且在提交部長會議90天內；第三，對世界貿易組織協定附件4諸邊貿易協議的增加；第四，爭端解決機構按照《關于爭端處理規則和程序的諒解》作出決定時，需一致同意。
⑵簡單多數規則。對于世貿組織的一般決議如果不能達成一致同意，則采用簡單多數規則，但《世界貿易組織協定》另有規定的除外。
⑶2/3多數通過規則。下列事項采用2/3多數通過：第一，對《世界貿易組織協定》附件1中的多邊貨物貿易協定和與貿易有關的知識產權協定的修改建議；第二，對《服務貿易總協定》一至三部分以及附件的修改建議；第三，對《世界貿易組織協定》和多邊貿易協定的某些條款修改意見提交成員方接受的決議；第四，新成員方加入世界貿易組織；第五，財務和年度預算決議。
⑷3/4通過規則。對于非常重大事項，如果成員方不能達成一致同意，則采用3/4多數通過：第一，條款的解釋；第二，各項協定的修改；第三，豁免義務。
⑸反向一致規則。即只要不是有權投票者全體一致對有關事項提出反對，則視為全體一致同意。該項則避免了1947年關貿總協定“一致同意”規則的弊端，是一重大的創新。該規則主要體現在《關于爭端解決規則和程序的諒解》第十六條等條款之中。
⑹必須接受規則。世貿組織的有些決議通過后只有經過所有成員方的接收才具有法律效力。下列決策采用必須接受規則：第一，對世界貿易組織決策制度（投票程序）的修改；第二，對1994年《關貿總協定》第一條款（最惠國待遇）和第二條款（關稅減讓）的修改；第三，對《服務貿易總協定》第二條款（最惠國待遇）的修改；第四，對《與貿易有關的知識產權協定》第四條款（最惠國待遇）的修改。
由于世界貿易組織的決策實行協商一致的制度（如果達不成協商一致，則采取投票的方法，以多數票通過），故在部長會議和總理事會上，每個世貿組織成員方均有且只有一票投票權，這是世貿組織同聯合國、國際貨幣基金組織和世界銀行決策機制的根本區別之所在。聯合國盡管實行一國一票制，但美國、中國、法國、英國和俄羅斯等五大國擁有否決權。而國際貨幣基金組織和世界銀行的決策則實行股份公司式的投票制度，即各成員國的投票權數量取決于其在繳納的基金的數量，因而是由美國等繳納基金多的發達國家控制的。世貿組織的決策則實行一方一票制，且任一成員方都沒有否決權，這一機制從根本上保證了世貿組織的決策不受少數國家特別是大國意志的左右。
