在海南自由貿易港的政策制度體系中，特殊的稅收制度被賦予了更重要的地位。按照零關稅、低稅率、簡稅制、強法治、分階段的原則，逐步建立與高水平自由貿易港相適應的稅收制度。
零關稅。全島封關運作前，對部分進口商品，免征進口關稅、進口環節增值稅和消費稅。全島封關運作、簡并稅制后，對進口征稅商品目錄以外、允許海南自由貿易港進口的商品，免征進口關稅。
2.低稅率。對在海南自由貿易港實質經營的企業，實行企業所得稅優惠稅率。對符合條件的個人，實行個人所得稅優惠稅率。
3.簡稅制。結合我國稅制改革方向，探索推進簡化稅制。改革稅種制度，降低間接稅比例，實現稅種結構簡單科學、稅制要素充分優化、稅負水平明顯降低、收入歸屬清晰、財政收支大體均衡。
4.強法治。稅收管理部門按實質經濟活動所在地和價值創造地原則對納稅行為進行評估和預警，制定簡明易行的實質經營地、所在地居住判定標準，強化對偷漏稅風險的識別，防范稅基侵蝕和利潤轉移，避免成為“避稅天堂”。積極參與國際稅收征管合作，加強涉稅情報信息共享。加強稅務領域信用分類服務和管理，依法依規對違法失信企業和個人采取相應措施。
5.分階段。按照海南自由貿易港建設的不同階段，分步驟實施零關稅、低稅率、簡稅制的安排，最終形成具有國際競爭力的稅收制度。
